COMUNICACIÓN VISUAL

Cómo hacer que moléculas pequeñas (y grandes) luzcan lo mejor posible

Durante mucho tiempo, la química orgánica se ha representado en blanco y negro. Sin embargo, como animales visuales, los humanos tendemos a entender las cosas con más claridad cuando hay color de por medio. Hasta hace poco, los usuarios solo podían colorear los tipos de átomos por elemento o cambiar el color de los átomos y los enlaces en ChemDraw. En la práctica, esto funcionaba razonablemente bien con enlaces de color rojo y azul oscuro, pero comenzó a resultar cada vez menos útil cuando se necesitaba un tercer color, especialmente al proyectar en un proyector de baja calidad en una habitación sin persianas. Para abordar ese problema, introdujimos el coloreado de relleno de anillo para carbociclos en ChemDraw 19 para facilitar la visualización y la comunicación.


Con ChemDraw 20, se agregó la capacidad complementaria de resaltar enlaces y átomos con color. Además, se introdujo una nueva función aclamada por los usuarios y su acceso directo correspondiente: la limpieza 3D (Ctrl/Cmd + Shift + D), que produce una conformación de energía minimizada de una molécula con sombreado de color basado en el eje Z.
De esta manera, cuando se presente ante un público de usuarios en una conferencia o durante su reunión semanal de laboratorio, puede decir "el doble enlace en verde" o "el enlace amida en amarillo" con la confianza de que su audiencia sabrá de qué está hablando.
Es importante destacar que los anillos rellenos de color también se desvanecen cuando se utilizan con la función de limpieza 3D, lo que facilita aún más la percepción del 3D en dibujos de moléculas complejas.

Espera, hemos estado hablando mucho de 3D. ¿Se puede crear 3D en ChemDraw?

¡Sí, puede!

Al hablar con nuestros usuarios y escucharlos, nos dimos cuenta de que los químicos tienen la necesidad de representar estructuras químicas cada vez más complejas, inherentemente tridimensionales, a través de una representación 2D. Para los químicos, la necesidad de representar una molécula en 3D no necesariamente equivale a "Necesito un modelo 3D de mi molécula que llene el espacio". A menudo significa obtener ayuda para representar su molécula. Con la función de limpieza 3D de ChemDraw 20, puede generar conformaciones de moléculas con energía minimizada en tan solo unos pocos clics. La combinación de las capacidades de coloración con la limpieza 3D le permite percibir y apreciar mejor la profundidad y la forma real de las moléculas (Figuras 4 y 5)

INTEGRACIÓN CON APLICACIONES LÍDER DE BÚSQUEDA

SciFindern y Reaxys

Como químico, no se empieza a crear algo así como así. Se busca en la literatura y en la técnica anterior para saber si el compuesto o material que se intenta preparar no se ha creado ya y, de ser así, cómo se logró (además, ¿cuál fue el rendimiento?). En 2014, y a petición de muchos químicos, se presentó la primera integración entre ChemDraw 14 y SciFinder® de CAS, que se percibió como una mejora significativa que beneficiaba enormemente a los usuarios de ambas aplicaciones. El eslogan era “La elección para la investigación química se encuentra con la elección para el dibujo químico”. Las opciones eran claras. Desde 2014, se han introducido cada vez más integraciones para ayudar a eliminar las barreras existentes entre ChemDraw y las aplicaciones de investigación clave para aumentar la productividad de los investigadores y la velocidad de su investigación. En 2018, se introdujo la integración entre ChemDraw y Reaxys®, seguida de ChemDraw y SciFindern® en 2019.

Seguridad de PubChem, Google Scholar/Patentes y personalización

Al darnos cuenta de la importancia de esas integraciones, también refactorizamos la arquitectura subyacente de ChemDraw para permitir que los desarrolladores creen complementos personalizados con aplicaciones de terceros mediante JavaScript y (https://github.com/Revvity/ChemDraw-AddIns/tree/master/Documentation). Luego comenzamos a agregar nuevas integraciones con cada nueva versión de ChemDraw Desktop en Signals ChemDraw.

1. El explorador ChemACX permite a los usuarios buscar moléculas por estructura, nombre o número CAS en la base de datos de Revvity de más de 20 millones de sustancias disponibles comercialmente y encontrar precios y disponibilidad comercial.
2. El resumen de seguridad química de laboratorio de PubChem (Fig. 7: 2) permite a los químicos ver los pictogramas del SGA y los códigos de declaraciones de peligro y de declaraciones de precaución asociados con una molécula determinada.
3. El complemento Google Scholar/Patents, que permite a los usuarios dibujar moléculas desde la comodidad de ChemDraw y buscar artículos de investigación o patentes donde se pueda encontrar la estructura.

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