El desarrollo de sistemas software a gran escala basados en Mathematica debería seguir los principios generales propios del desarrollo de cualquier tipo de sistema software.

La guía de mejores prácticas de ingeniería Building Large Software Systems in Mathematica elaborada por Tom Wickham-Jones, Director de Tecnología de Kernel de Wolfram Research, describe el proceso de desarrollo de un sistema y cómo se debería ser organizado internamente el sistema. Estos principios han sido derivados en gran medida de la experiencia del equipo de desarrollo de Wolfram Research en los proyectos basados en Mathematica, y en particular, el propio Mathematica.